Los primeros bereberes se mantuvieron impertérritos ante las invasiones de los colonos fenicios, e incluso los romanos no consiguieron alterar su modo de vida tras el saqueo de Cartago en el año 146 a.C. Éstos trajeron consigo un largo período de paz durante el cual se fundaron muchas ciudades, y los nativos de las llanuras litorales se convirtieron en sus residentes. El cristianismo hizo su aparición en el siglo III y, una vez más, los bereberes afirmaron su tradicional oposición al poder centralizado convirtiéndose en seguidores de Donato (un líder sectario cristiano que alegaba que sólo los donatistas constituían la verdadera Iglesia).

El Islam irrumpió en la escena mundial en el siglo VII, cuando los ejércitos árabes cruzaron su frontera. Conquistaron rápidamente Egipto y llegaron a controlar todo el norte de África hacia principios del siglo VIII. Tras esta invasión surgieron los almorávides, que ocuparon Marruecos y la Andalucía musulmana; fundaron Marrakech, a la que designaron como su capital, pero pronto fueron reemplazados por los almohades.

Bajo estos nuevos gobernantes se estableció un cuerpo profesional de funcionarios y las ciudades de Fez, Marrakech, Tlemcen y Rabat alcanzaron el cenit de su esplendor cultural; pero, finalmente, debilitado por sus derrotas en España ante los cristianos, el gobierno musulmán empezó a flaquear. En su lugar vinieron los meronitas de las tierras del interior marroquí y la zona volvió a resurgir hasta que la culminación de la reconquista cristiana en España en 1492 desató las revueltas que borrarían a la nueva dinastía en menos de cien años.

Después de la instauración y caída de varias dinastías de corta duración, en la década de 1630 la dinastía alauita impuso un dominio completo que sigue firme en la actualidad. Con su pragmatismo y a pesar de las dificultades, ha conseguido mantener a lo largo de más de trescientos años la independencia de Marruecos.

A finales del siglo XIX se introdujeron los comerciantes europeos, y con ellos una larga etapa de renovaciones coloniales. Surgió entonces el interés de Francia, España y Alemania por invadirlo debido a su situación estratégica y a su riqueza en recursos comerciales. Los franceses vencieron y ocuparon prácticamente el país entero en 1912; España mantuvo un pequeño protectorado costero y Tánger fue declarado territorio internacional.

El mariscal francés Lyautey respetó la cultura árabe. En lugar de destruir las ciudades marroquíes existentes construyó nuevas urbes en sus proximidades. Convirtió Rabat en la capital y potenció el puerto de Casablanca. El sultán permaneció, pero apenas como una figura simbólica. Los sucesores de Lyautey no fueron tan sensibles: sus esfuerzos por acelerar el dominio francés llevaron a las gentes de las montañas del Rif, encabezadas por el erudito bereber Abd el-Krim, a levantarse contra las fuerzas de ocupación. Únicamente la unión de los 25.000 soldados hispanofranceses pudo forzar finalmente a Abd el-Krim a rendirse en 1926. Hacia la década de 1930 más de doscientos mil franceses habían formado su hogar en Marruecos. Durante la Segunda Guerra Mundial las fuerzas aliadas utilizaron el país como base desde la cual expulsar a los alemanes del norte de África.

Una vez finalizada la guerra, el sultán Mohammed V creó un partido independentista que finalmente aseguró la independencia marroquí en 1956.

Mohammed V se autoproclamó rey en 1957 y fue sucedido cinco años más tarde por su hijo, Hassan II. Este popular líder consolidó su carisma entre los marroquíes organizando la Marcha Verde al Sáhara Occidental, antiguamente ocupado por España. Con una fuerza de 350.000 voluntarios, los seguidores de Hassan doblegaron a los saharauis para reclamar la zona, muy rica en minerales, como propia.

Los aproximadamente cien mil habitantes del Sáhara no aceptaron la invasión y reclamaron su independencia. El Frente Popular del Sáhara Occidental para la Liberación de Saguia al-Hamra y Río de Oro (Polisario) inició una guerra de independencia. En 1991, las Naciones Unidas intervinieron en un acuerdo de alto al fuego y más recientemente han decidido mantenerse en la zona. Mientras que la población marroquí en general aplaudió la invasión del sur, ésta contrarió tanto a los vecinos argelinos como a los propios saharauis occidentales. Desde entonces, las relaciones de Marruecos con Argelia son muy precarias.

En julio de 1999 el rey Hassan II, que había reinado como monarca absoluto (a pesar de algunos cambios semidemocráticos, en la constitución) durante 38 años, fue sucedido a su muerte en el trono por su hijo, el rey Mohammed VI, quien prometió eliminar la corrupción del gobierno, facilitar la libertad de prensa e institucionalizar una reforma democrática tan pronto como sea posible. Las tan anheladas reformas democráticas chocan contra un muro en este país todavía anclado en sus raíces feudales, pero parece que el joven monarca tiene intención de darle una buena oportunidad a la nación.